Brugge

Lombaerts menyertai Club Brugge pada usia yang muda. Beliau menjadi pemain muda yang berbakat bersama Jason Vandelannoite, Glenn Verbauwhede dan Thomas Matton.

Gent

Beliau berpindah ke Gent di mana beliau bermain semua perlawanan dalam Divisyen Pertama Belgium 2005–06. Selain daripada bermain bola seapk, beliau belajar di sekolah undang-undang di Universiti Ghent. Kadang-kala beliau terpilih untuk mewakili pasukan bawah-21 Belgium. Beliau juga pernah memasuki Kejohanan Bola Sepak bawah-21 UEFA 2004 dan 2007.

Zenit

Pada Julai 2007, Lombaerts memilih untuk berpindah ke FC Zenit Saint Petersburg di Rusia. Pada masa itu, beliau menamatkan pendidikannya untuk meneruskan kerjayanya sebagai pemain bola sepak. Pada awal 2008, Lombaerts terpaksa berehat selama setengah tahun akibat cedera pada lutut. Pada masa itu, pasukannya telah memenangi Piala UEFA 2007-08 dan beliau terpaksa melupakan aksi di Sukan Olimpik 2008 di Beijing di mana pasukan kebangsaannya, Belgium mendapat tempat keempat.

Lombaerts akhirnya pulih dan kembali ke Zenit pada 19 Julai 2009, beliau menggantikan Aleksei Ionov pada minit ke-71 ketika menentang FC Terek Grozny di mana Zenit menewaskannya 3-2."[3] Pada 29 November 2009, Lombaerts menjaringkan gol kemenangan buat Zenit ketika menentang Spartak Moscow untuk meletakkan Zenit pada kedudukan tempat ketiga dan layak ke Liga Juara-Juara UEFA 2010-11, Zenit menang 2-1.[4] Pada 5 Julai 2010, Lombaerts menandatangani kontrak selama empat tahun bersama Zenit.[5]